Quá trình phát triển giáo dục đại học ở Nhật có thể chia làm 4 giai đoạn như sau:
(1) thời kì Tây phương hóa (1868-1886);
(2) thời kì cách mạng kĩ nghệ và đại học (1886-1914);
(3) thời kì phát triển kĩ nghệ, chiến tranh, và “bành trướng” của hệ thống đại học (1914-1945);
(4) thời kì hậu chiến (1945 cho đến nay).
Bốn giai đoạn phát triển của hệ thống giáo dục đại học (GDĐH) của Nhật cũng có thể cung cấp cho chúng ta một vài bài học và kinh nghiệm đáng tham khảo. Đáng tham khảo là bởi vì Nhật cũng xuất phát từ một nước nông nghiệp, và cũng kinh qua một thời gian chiến tranh khốc liệt.
Giai đoạn 1: Tây phương hóa được khởi xướng từ thời Minh Trị Thiên Hoàng từ năm 1868. Trong giai đoạn này, Nhật cảm thấy bị đe dọa bởi các thế lực quân sự và kĩ nghệ của thế giới phương Tây, nhưng họ thấy đó là một cơ hội để tái cấu trúc hệ thống chính trị, xã hội và kinh tế, chuẩn bị cho sự nghiệp kĩ nghệ hóa đất nước. Minh Trị nhận thức rằng Nhật cần phải nắm lấy và làm chủ những “know-how” của phương Tây.
Năm 1877, Đại học Tokyo được thành lập (trước đây trường này chỉ là một trường cao đẳng dạy ngoại ngữ và y học cổ truyền). Đại học Tokyo lúc đó có 4 khoa: luật khoa, khoa học, văn khoa, và y khoa. Trong giai đoạn phát triển này, phần lớn giáo sư là người ngoại quốc. Trong số 36 giáo sư, có đến 23 người là giáo sư từ Anh, Pháp, Đức, và Mĩ. Ngay cả những giáo sư người Nhật cũng là những người từng tốt nghiệp từ các nước vừa kể. Trong thời gian 20 năm sau đó, có đến 400 giáo sư từ các nước phương Tây được Bộ Giáo dục Nhật mướn (hay mời) dạy tại các đại học và cao đẳng trên khắp nước Nhật. Không chỉ trong ngành giáo dục, Nhật còn mướn các chuyên gia phương Tây để làm việc và hướng dẫn trong các ngành như khai thác hầm mỏ, đường sắt, điện lực, điện tín, hãng xưởng, v.v… Trong cùng lúc với sự hình thành của Đại học Tokyo, Nhật tích cực gửi sinh viên sang các nước phương Tây theo học tại các trường danh tiếng trên thế giới. Những “hạt nhân” đó sau này nắm giữ những chức vụ quan trọng trong hệ thống đại học và chính quyền.
Giai đoạn 2: Cách mạng kĩ nghệ và đại học. Giai đoạn này được đánh dấu qua việc thiết lập hệ thống “đại học vương triều” (Imperial University System), và định hướng rõ ràng rằng giáo dục phải phục vụ cho các mục tiêu của Nhà nước. Năm 1890, [Đại học] Tokyo Imperial University được cho phép thành lập thêm một khoa mới: đó là khoa nông học. Năm 1897, [Đại học] Kyoto Imperial University được thành lập theo mô hình của Đại học Tokyo. Kể từ đó, một số đại học trong hệ thống vương triều được thành lập, như Tohoku Imperial University (1907), Kyushu Imperial University (1910). Cả hai trường mới này chuyên về khoa học ứng dụng.
Thời gian mà các đại học vương triều ra đời trùng hợp với giai đoạn cách mạng kĩ nghệ ở Nhật. Cuộc cách mạng kĩ nghệ chủ yếu xảy ra ở ngành dệt và kĩ nghệ nhẹ, và chính các ngành “nhẹ” này đã là những viên gạch lót đường để Nhật trở thành một cường quốc kĩ nghệ sau này. Các đại học vương triều có nhiệm vụ phải đào tạo các kĩ sư và khoa học gia, chuyên gia để đáp ứng nhu cầu của cuộc cách mạng kĩ nghệ. Mặc dù ý thức được rằng đại học còn phải đào tạo các nhà nghiên cứu, nhưng trong giai đoạn này khi mà công nghệ của Nhật còn quá thô sơ, nên họ chủ yếu nhắm vào việc đào tạo chuyên gia lành nghề, và việc đào tạo chuyên gia nghiên cứu chỉ tập trung ở các đại học lớn như Tokyo và Kyoto.
Song song với sự ra đời của các đại học vương triều, Nhật còn thành lập một số trường cao đẳng kĩ thuật (technical college). Các trường cao đẳng có nhiệm vụ giới thiệu các công nghệ của thế giới phương Tây nhưng có ứng dụng thực tế vào điều kiện phát triển ở Nhật. Đến năm 1910, Nhật đã có 17 trường cao đẳng kĩ thuật, và mỗi năm huấn luyện được hàng ngàn chuyên viên kĩ thuật.
Trong thời kì này, Nhật còn có một số đại học tư thục, tuy lúc đó các trường này chưa được công nhận là “đại học” mà chỉ là những “trường đặc biệt” (special schools). Mãi đến năm 1918 các trường đại học tư thục mới được chính thức công nhận là đại học. Sau này, một số trường tư thục đó trở thành một đại học danh tiếng. Chẳng hạn như Đại học Keio được thành lập năm 1868 (do gia đình của Fukuzawa Yukichi thành lập), Đại học Doshisa (của Niijima Jo lập năm 1875), Đại học Waseda (do Okuma Shigenobu lập năm 1882) đã có công đào tạo các chuyên gia kĩ thuật và quản lí cho các công ti tư nhân, và đóng góp một phần lớn vào sự nghiệp công nghiệp hóa của Nhật.
Giai đoạn 3: Hậu chiến và phát triển. Trong thời gian chiến tranh, Nhật đã làm được một điều kì diệu: phát triển đại học và kĩ nghệ. Cuộc chiến Nga – Nhật (1904-1905) là giai đoạn Nhật “củng cố lực lượng” để xây dựng và bành trướng thực lực quân sự. Đến thế chiến 1914-1918 thì thực lực quân sự của Nhật đã được chứng minh. Thế chiến thứ nhất là động cơ để Nhật tiến hành một cuộc cách mạng kĩ nghệ thứ hai. Trong cuộc cách mạng này, Nhật tập trung vào kĩ nghệ nặng như đóng tàu, sản xuất sắt thép, sản xuất máy kĩ nghệ, hóa học, v.v… Trong thời gian 1915 và 1918, sản lượng kĩ nghệ của Nhật tăng 6 lần, và lần đầu tiên, sản lượng kĩ nghệ qua mặt sản lượng nông nghiệp, biến Nhật thành một nước kĩ nghiệp tiên tiến.
Năm 1918 cũng là năm lịch sử vì chính phủ cho ra đời một đảng chính trị. Với sự tác động của đảng chính trị này, đạo luật thành lập các đại học địa phương và đại học vùng ra đời. Đạo luật còn cho phép thành lập các đại học chuyên ngành như đại học chuyên về kĩ thuật, kinh tế, nông học, v.v…
Đến năm 1930, Nhật đã có 7 đại học vương triều, với 3 đại học mới là Hokkaido, Osaka, và Nagoya. Các đại học vương triều mới này chuyên về khoa học và công nghệ. Trong cùng thời gian này, các đại học cũ hơn như Tokyo và Kyoto bắt đầu thành lập các viện nghiên cứu trong và ngoài đại học. Phần lớn các viện nghiên cứu tập trung vào nghiên cứu về vật lí, hóa học, công nghệ hàng không. Trong giai đoạn này, Nhật đã có một hệ thống đại học hoàn chỉnh và tạo được một nền tảng cho phát triển khoa học kĩ thuật trong tương lai.
Giai đoạn 4: Hoàn thiện. Giai đoạn phát triển thứ tư này kéo dài từ Thế chiến thứ hai cho đến nay. Khi Nhật bị thất trận, tổng sản lượng kĩ nghệ giảm xuống mức thấp nhất của năm 1910. Trong giai đoạn đầu sau khi Nhật đầu hàng, tương lai của nước Nhật nằm trong tay của lực lượng chiếm đóng, và tương lai đất nước còn khá mập mờ. Năm 1949, chính quyền chiếm đóng đề nghị một cuộc tổng cải cách giáo dục trên toàn quốc. Theo đó, tất cả các đại học – từ hệ thống đại học vương triều đến đại học địa phương và tư thục – đều phải theo một chương trình đào tạo thống nhất: đó là 4 năm cho cấp cử nhân. Đến năm 1950, Nhật đã có 201 trường đại học, cao đẳng và viện nghiên cứu.
Đến năm 1952, khi Nhật được trao quyền tự trị, tương lai của Nhật có vẻ rõ ràng hơn. Người Nhật nhận thức rõ rằng để tồn tại trên thế giới với sự hạn chế tài nguyên thiên nhiên, Nhật tùy thuộc rất lớn vào khả năng kĩ nghệ. Để phát triển kĩ nghệ, họ cần phải phát triển hệ thống giáo dục đại học đến một tầm cao hơn. Năm 1956, một tài liệu về giáo dục cao đẳng của Anh (White Paper on Technical Education) được dịch sang tiếng Nhật, và trở thành một tài liệu tham khảo quan trọng, một kim chỉ nam cho hệ thống giáo dục đại học của Nhật sau này. Năm 1956, Cục Khoa học và Công nghệ được thành lập, và năm 1960 Hội đồng Khoa học và Công nghệ đề xuất một số chính sách để phát triển khoa học và công nghệ trong vòng 10 năm. Những đề nghị này trở thành định hướng phát triển và hoàn thiện hệ thống đại học cho đến ngày nay.
Ngày nay, Nhật có hơn 725 trường đại học và 518 trường cao đẳng. Chất lượng đào tạo đại học của Nhật được thế giới công nhận. Hiện nay, Nhật có 11 trường đại học được xếp vào hạng “top 200” trên thế giới, với Đại học Tokyo (hạng 19) và Kyoto (hạng 25). Trong thời gian 1997-2001, các nhà khoa học Nhật công bố khoảng 336,858 bài báo khoa học, chiếm 9.3% tổng số bài báo khoa học trên thế giới. Số ấn phẩm khoa học của Nhật đứng vào hàng thứ 4 trên thế giới, chỉ sao Mĩ, Liên hiệp Âu châu, Anh, và Đức.
